На основании Постановления Правительства КР от 4 декабря 2009 года № 731 «О Министерстве чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики», приказа Министра чрезвычайных ситуаций КР от 30 декабря 2009 года № 1276 «О создании Агентства по атомной и радиационной безопасности при МЧС КР», а также в соответствии с Положением «Об Агентстве по атомной и радиационной безопасности при МЧС КР», утвержденного Постановлением Временного Правительства КР от 12.06.2010г. ВП№81 было создано – Агентство по атомной и радиационной безопасности при Министерстве чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики.
На основании Постановления Правительства КР от 12 июня 2012 года № 406 и в соответствии с Постановлением Правительством Кыргызской Республики «О Министерстве чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики» от 20 февраля 2012 года № 115 Агентства по атомной и радиационной безопасности при МЧС КР, преобразовано на Агентство по обращению с хвостохранилищами при МЧС КР. Директором назначен Кушбаков Д.Ш., который по настоящее время является руководителем данного Агентства.
Со дня создания Агентства по атомной и радиационной безопасности при МЧС КР, ныне Агентство по обращению с хвостохранилищами при МЧС КР проделана определенная работа по обеспечению безопасности хвостохранилищ и горных отвалов находящихся в введении МЧС КР.